As plantas fanerógamas, também conhecidas como fanerogâmicas, são aquelas que se reproduzem através de sementes. O grupo das fanerógamas pode ser considerado o mais evoluído dentro do meio vegetal, isso porque possuem raiz, folhas, flores e sementes. Elas comumente são divididas em dois grupos: as gimnospermas, que apresentam sistema vascular; e as Angiospermas que apresentam sistema vascular, flores e frutos.

Atualmente existem 1.061 espécies de plantas fanerógamas, nativas da cidade de São Paulo. Apenas 666 (62,7%) delas tiveram ocorrência posterior a 1.950, em apenas uma localidade no município, ou seja, apenas 0,5% das áreas estudadas.

Dentre as 666 espécies, 346 (52,1%) têm exsicatas, amostras secas, no Herbário Municipal, as demais podem ser encontradas apenas em registros bibliográficos. Dentre as 346 espécies com exsicatas, 14 estão ameaçadas de extinção, e 73 são o primeiro registro para o munícipio desde 1.950 ou ainda não haviam sido registradas em nenhum momento anterior.

O papel do Herbário Municipal é identificar e catalogar espécies de plantas através de um acervo. Essa contribuição é importante para que se conheça as espécies existentes e condições de vida, para que assim possam ser desenvolvidos planos de preservação às espécies que estejam ameaças de alguma forma.

Atualmente, o Herbário Municipal conta com 21.092 amostras de plantas herborizadas que estão incluídas em seu acervo, sendo 4.312 espécies de angiospermas (apresentam sistema vascular, flores e frutos), 44 espécies de gimnospermas (tem sistema vascular), 152 espécies de pteridófitas, 105 espécies de briófitas e 13 espécies de líquens.