O setor de assistência faz parte da Divisão de Assistência, Laboratorial e de Logística da Coordenadoria de IST/Aids da Cidade de São Paulo. A ele compete:
- Propor ações para diminuir a incidência/prevalência e a morbimortalidade das ISTs/Aids no município de São Paulo.
- Articular com diversos níveis da gestão visando:
    - ampliar o acesso da população ao diagnóstico oportuno e tratamento das IST/HIV/Aids;
    - redução da morbimortalidade das IST/Aids;
    - redução de novas infecções pelo HIV; 
- Elaborar estratégias para diminuir a transmissão vertical da sífilis e do HIV.
- Apoiar tecnicamente as Coordenadorias Regionais de Saúde (CRS) para educação permanente dos profissionais da Rede Municipal Especializada (RME) em IST/Aids.
- Apoiar as CRS no desenvolvimento de ações que promovam a atenção integral dos usuários da RME IST/Aids com vistas ao aprimoramento da qualidade da assistência às pessoas vivendo com HIV (PVHIV).
- Apoiar as CRS na articulação com a Central de Regulação no estabelecimento de referências e contrarreferências com os pontos de atenção (AME, CAPS, CAPS ad, Rede Hora Certa e Hospitais) de modo atender as demandas das PVHIV para especialidades e internações.;
- Monitorar e avaliar as ações de saúde desenvolvidas na RME IST/Aids.