Embora prevista nas leis orgânicas da Saúde (Leis Federais nº 8.080/1990 e 8.142/1990), a incorporação da lógica de planejamento na área de saúde ocorreu em conjunto com o próprio desenvolvimento e estruturação do sistema. A interiorização dessa lógica exigiu, para além dos instrumentos de planejamento da gestão para todos os níveis e órgãos da administração pública (Plano Plurianual, Lei de Diretrizes Orçamentárias e Lei Orçamentária Anual), o desenvolvimento de sistemas de articulação, decisão e pactuação entre as esferas subnacionais do SUS.

A lei Federal nº 8.080/1990 estabeleceu a lógica de ascendência do planejamento e orçamento no SUS para a elaboração dos planos de saúde (do nível local até o federal), os quais deveriam ser utilizados para a formulação das programações de saúde. Estas, por sua vez, deveriam estar contempladas nas respectivas propostas orçamentárias.

Com o objetivo de normalizar o processo de descentralização político-administrativa, estabelecendo parâmetros para sua garantia, responsabilidades e critérios de financiamento das ações e serviços, foi publicada a Norma Operacional Básica 01 em 1993.

A Norma Operacional Básica do SUS 01/93 foi um referencial no processo de implantação de um sistema único nacional de saúde. Com a NOB-SUS 1993 buscou-se, entre outros objetivos, sistematizar o processo de descentralização da gestão do sistema e serviços e criar um esquema de transição, com diferentes níveis de responsabilidades para os Estados e Municípios (e, consequentemente, para o próprio Governo Federal). Criaram-se as Comissões Intergestoras Bipartite - CIB e Tripartite – CIT (foros permanentes de negociação e deliberações).

A quarta Norma Operacional Básica do SUS (NOB-SUS 01/96) avançou o processo de municipalização do setor saúde. Ainda que se tenham estabelecido transferências regulares e automáticas “fundo a fundo” e a remuneração por serviços produzidos, alguns desafios referentes ao financiamento do sistema se mantiveram. Com a NOB-SUS 1996, instrumentos gerenciais foram descentralizados, com a caracterização de responsabilidades sanitárias de cada gestor e a definição do principal operador da rede de serviços do SUS (o Sistema Municipal de Saúde).

A Norma Operacional da Assistência à Saúde (NOAS-SUS 01/2001), por sua vez, ampliou responsabilidades dos municípios na atenção básica e definiu do processo de regionalização da assistência.

Conhecida como responsável por instituir o “PlanejaSUS”, a Portaria nº 3.085/2006 do Ministério da Saúde buscou concretizar o Sistema de Planejamento do SUS nos seguintes instrumentos: Plano de Saúde; Programação Anual de Saúde; Relatório Anual de Gestão. Além disso, definiu a obrigatoriedade de compatibilização com os instrumentos gerais de planejamento governamental (PPA, LDO, LOA). Em dezembro de 2006, o Ministério da Saúde aprovou, por meio da Portaria nº 3.332/2006, conjunto de orientações gerais relativas aos instrumentos de gestão do SUS, que, dentre seus objetivos, visou unificar metodologias e definir modelos básicos desses instrumentos, respeitadas as particularidades de cada esfera administrativa.

Com a promulgação da Lei Complementar nº 141/2012, foram definidos valores mínimos a serem aplicados em ações e serviços público de saúde (conforme Emenda Constitucional nº 29/2000), critérios de rateio dos recursos de transferências para saúde e também aspectos de transparência, visibilidade e fiscalização da gestão da saúde.

Após a LC 141/20121, a portaria GM/MS nº 2.135/2013 revogou as portarias nº 3.085 e 3.332 de 2006 e consolidou diretrizes para o processo de planejamento no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS). Atualmente as condições gerais de planejamento do SUS estão ratificadas na Lei Complementar nº 141/2012 e nas Portarias de Consolidação do SUS publicadas em 2017 pelo Ministério da Saúde.

No município de São Paulo, conforme o decreto municipal nº 57.857/2017, que reorganizou a Secretaria Municipal de Saúde (SMS), a Assessoria de Planejamento do Gabinete é a unidade responsável por coordenar o processo de planejamento estratégico da SMS, com destaque para a elaboração - em parceria com as demais unidades administrativas da Secretaria e Coordenadorias Regionais de Saúde - do Plano Municipal de Saúde, Programações Anuais de Saúde e Relatórios Anuais de Gestão. Além dos instrumentos de gestão do SUS, a Assessoria também apoia o gabinete da SMS nas ações relacionadas à construção do Plano Plurianual, Lei das Diretrizes Orçamentárias (LDO) e Lei Orçamentária Anual (LOA).