Em 2005 foi estabelecido um convênio, na forma de parceria, entre a Sociedade Beneficente de Senhoras - Hospital Sírio-Libanês - SBSHSL, que mantém uma missão filantrópica, e a Secretaria Municipal de Saúde de São Paulo contemplando a realização de algumas cirurgias de alta complexidade, como transplantes de fígado e cirurgias de algumas cardiopatias congênitas para pacientes encaminhados pelo Hospital Municipal Infantil Menino Jesus - HMIMJ.

Para viabilizar o atendimento desses pacientes no HMIMJ foram reformados as enfermarias do 2º andar, o ambulatório e o Pronto Socorro, melhorados os serviços de ultra-sonografia e ecocardiografia com equipamentos e pessoal e alugados alguns equipamentos para a UTI deste Hospital. Este tipo de atendimento já está ocorrendo plenamente, constituindo-se em real benefício à população.

Esta parceria prevê também que o Hospital Sírio-Libanês seja responsável pela reforma do Hospital Municipal Infantil Menino Jesus e de nove Unidades da Subprefeitura da Sé.