Corpo docente
O gabarito técnico-científico dos seus profissionais (médicos, enfermeiros, assistentes sociais, psicólogos e farmacêuticos) é fator decisivo para o bom desenvolvimento do trabalho e para o reconhecimento da qualidade na área do ensino.
Há no corpo clínico do Hospital:
· 38 profissionais com títulos universitários,
· 4 livre-docentes
· 6 autores de livros científicos (considerados referências nacionais em suas respectivas áreas).

Assistência Psicológica
O Hospital conta com serviço de apoio e assistência  psicológica a médicos residentes e estagiários.

Programas de Residência Médica
Reconhecidos pelo Ministério da Educação e credenciados pelas Sociedade Brasileira de Pediatria, Associação de Medicina Intensiva Brasileira e Sociedade Brasileira de Cirurgia Pediátrica, para formação de médicos especialistas.

Credenciados pelo Ministério da Educação dos Programas de Residência Médica

Programas de Residência Médica	Número de vagas oferecidas
Pediatria Duração: 2 anos Pré-requisito: ser formado em Medicina	16
UTI Pediatria Duração: 2 anos Pré-requisito: 2 anos de Residência em Pediatria Geral	3
Pneumologia Infantil Duração: 1 ano Pré-requisito: 2 anos de Residência em Pediatria Geral	1
Cirurgia Infantil Duração: 3 anos Pré-requisito: 2 anos de Residência em Cirurgia Geral	1

Desenvolvimento dos Programas de Residência Médica
A maioria absoluta dos estágios da Residência é feita no próprio Hospital,com as seguintes parcerias:

Escola Paulista de Medicina (UNIFESP)
Programa de Pediatria: estágios de Puericultura (Embu); Ambulatório de Suporte Nutricional e Erros Inatos do Metabolismo.
Programa de Cirurgia Pediátrica: Urologia Pediátrica (malformações vesicais e estados intersexuais); Oncologia Pediátrica  e Radiologia Pediátrica.

Hospital Israelita Albert Einstein
Programa de Medicina Intensiva Pediátrica: estágio na UTI Pediátrica

Santa Casa de Misericórdia de São Paulo
Programa de Pneumologia Pediátrica: Ambulatório de Fibrose Cística

Hospital Municipal Maternidade Escola Dr.Mário de Morares Altenfelder Silva (Vila Nova Cachoeirinha)
Programa de Pediatria: Neonatologia (atenção ao RN na sala de parto; Berçário de cuidados intermediários e patológicos; UTI Neonatal; Método mãe-canguru; Banco de Leite)

Instituto de Infectologia Emílio Ribas
Programa de Pediatria: Infectologia Pediátrica

Parcerias Institucionais
O HMIMJ recebe residentes de outras instituições:

Escola Paulista de Medicina (UNIFESP)
Programa de Pediatria: Ambulatório de Cardiologia, Neurologia e Dermatologia.

Hospital Campo Limpo (PMSP)
Programa de Pediatria: Ambulatório de Especialidades

Hospital Ermelino Matarazzo (PMSP)
Programa de Pediatria: Ambulatório de Especialidades

Hospital do Servidor Público Municipal
Programa de Pediatria: UTI Neonatal
Programa de Urologia: Urologia Pediátrica

Hospital do Servidor Público Estadual
Programa de Pediatria: UTI Neonatal

Hospital Brigadeiro
Programa de Pediatria: Ambulatório de Cardiologia

Hospital Santa Marcelina
Programa de Pediatria: Ambulatório de Especialidades

Santa Casa de Misericórdia de São Paulo
Programa de Urologia: Urologia Pediátrica

ESTÁGIOS
Através de acordos e parcerias com outras instituições de ensino superior:
· Enfermagem
· Psicologia hospitalar
· Fisioterapia
· Fonoaudiologia
· Nutrição
· Outras especialidades médicas:
- Cirurgia Plástica (convênio com a FCM da Santa Casa de São Paulo)