O CEJUR teve como sede, por 20 anos, um sobrado centenário localizado na Avenida Brigadeiro Luís Antônio. O imóvel foi declarado de utilidade pública pelo então prefeito Jânio Quadros e totalmente restaurado para abrigar o Centro, sendo posteriormente tombado pelo Conselho Municipal de Preservação do Patrimônio Histórico, Cultural e Ambiental da Cidade de São Paulo (CONPRESP).

Em 28 de julho de 2009 foi inaugurada a nova sede do CEJUR instalada no Pátio do Colégio, no edifício Leite de Barros, desapropriado pelo Município em 1988. Esta, que é sua segunda sede própria, divide a paisagem com o Pátio do Colégio, berço dessa que se tornou uma das maiores metrópoles do mundo.

Na nova sede, CEJUR organizou sua estrutura: administração; cursos e eventos; biblioteca; museu; sala do Conselho da PGM e sala de obras e exemplares raros e especiais. Algumas alterações ocorreram. O museu passou a ser o memorial da Procuradoria Geral do Município com a mostra A PGM e a Cidade, na qual visitantes podem conhecer um pouco da história do edifício e das mudanças no centro histórico de SP. Também descobrirá a linha do tempo da Procuradoria e os pareceres históricos da época de Oswaldo Aranha, célebre procurador da Prefeitura, organizados e dispostos para consulta e apreciação.

A biblioteca informatizou seu catálogo de pareceres, livros e artigos em 2020, migrando cerca de 11 mil registros para a atual base de dados, disponível para consulta na internet, disseminando a informação de seu acervo aos usuários.

Com a pandemia do coronavírus, o CEJUR precisou se adequar ao um novo modo de oferecer seus cursos e palestras. Rapidamente o ensino presencial foi substituído pelas aulas online, ampliando o número de alunos e possibilitando maior número de capacitações.

Inovou com uma série de eventos jurídicos, tais como: Eventos Notáveis, Ciclo de palestras da Revista PGM e Semana John Rawls estreitando laços com escolas de governo, universidades e profissionais da área do Direito.

Atualmente, o CEJUR pretende aperfeiçoar suas práticas educacionais, ofertando aos professores um estúdio de gravação de aulas com tecnologia adequada para garantir qualidade e facilidade tanto para o corpo docente quanto discente, aperfeiçoando as práticas pedagógicas com um novo ambiente virtual de aprendizagem aos alunos.