De preferência, o contato deve ocorrer assim que a cúpula do órgão manifestar acordo com a ideia de revisar a estrutura organizacional – a COGEDI poderá, dessa forma, fornecer subsídios e apoio técnico desde o processo de revisão da estrutura. Mas, se a proposta já estiver num estágio mais avançado, ainda se deve envolver a COGEDI – que poderá ser acionada assim que os interessados na reestruturação tomarem ciência da competência desta unidade. 
O que ocorre é que o envolvimento da COGEDI desde o início do processo, e o apoio desta área na elaboração da reestruturação, permite que a estrutura seja planejada e proposta de acordo com as diretrizes de desenvolvimento institucional. Isso evita que surjam questionamentos à estrutura planejada pelo órgão, que por vezes, pode conter elementos que escapem às diretrizes da PMSP. 
Em linhas gerais, as etapas da reestruturação e o envolvimento da COGEDI em cada uma delas seguiria este fluxo: 

Qual a relação entre estruturas organizacionais e cargos em comissão ou funções de confiança? 

Os cargos de provimento em comissão são encarregados exclusivamente das funções de chefia e assessoramento na Administração Pública, de acordo com o Art. 37 da Constituição Federal de 1988. Desta forma, cada unidade administrativa que tenha um posto de chefia em seu comando deverá contar com um cargo de comissão em chefia que desempenhará a função de seu titular. 

A modulação se refere à possibilidade, introduzida pela Lei 17.708 de 3 de novembro de 2021, de alterar, mediante decreto, os quantitativos e a distribuição dos CDA, desde que não acarrete aumento de despesa em CDA-unitário e os cargos, objetos da alteração, estejam vagos. Ou seja, é possível alterar, dentro do limite total de CDA-unitário em cada Pasta (limite orçamentário ao gasto com cargos em comissão) a quantidade de cargos e sua distribuição na estrutura da Secretaria. 

A modulação decorre, principalmente, de ajustes e adequações quanto à estrutura do órgão que demandem rearranjo dos cargos em comissão, por exemplo: criação de novas unidades demandando novos postos de chefia e assessoria, alteração das atribuições de uma unidade gerando demanda por um ou mais postos de chefes de equipe, assim por diante. As propostas de modulação devem encontrar lastro na estrutura do órgão. 

Os cargos em comissão destinam-se exclusivamente a chefia e assessoria, e, portanto, sua modulação só se justifica para o manejo de postos que farão exercício destas funções.  Deve-se considerar, portanto, no momento da idealização de uma unidade que irá compor um órgão da PMSP, sua área de abrangência, orçamento e pessoal sob sua gestão e o grau de responsabilidade atribuído ao seu gestor para decidir que tipo de unidade deve ser criada e seu respectivo cargo de chefia e postos de assessoramento (vide o Documento Norteador para modelagem dos órgãos da Administração Pública Municipal).