Voltado para a despoluição de todos os córregos da cidade, o trabalho conta com o auxílio da Subprefeitura para a realização da limpeza mecanizada e para a fiscalização visando o combate ao descarte de esgoto irregular. O objetivo é a recuperação destas áreas, propiciando à população ambientes saudáveis, livres de focos de doenças e uma consequente ampliação das redes de esgoto com a identificação e regularização dos lançamentos realizados de forma clandestina.

O programa prevê também a remoção das famílias que vivem à margem dos córregos, medida que, além de transferi-las para moradias seguras, facilita o processo de fiscalização e a identificação de empreendimentos que estejam poluindo os córregos. No caso da despoluição do Água Branca, cerca de 4.600 pessoas serão beneficiadas.

Orientação aos moradores das comunidades próximas quanto ao despejo irregular e também ao descarte de lixo no córrego também estão entre as atividades do Programa Córrego Limpo.

Mais de 1,6 milhão de pessoas já foram beneficiadas pelo Córrego Limpo no Município de São Paulo. No final de 2010 foram concluídos os trabalhos em 96 dos 100 córregos previstos.