A proteção ambiental/Guarda Ambiental tem como foco aprimorar os trabalhos de fiscalização nas Áreas de Proteção Ambiental (APAs), aumentando o combate às ocupações irregulares, aos danos ambientais, fazendo a prevenção e a inibição de despejos de entulhos ou produtos químicos em rios e mananciais nas APAS.
O policiamento em todos os parques municipais na cidade de São Paulo também é missão da proteção ambiental realizada pela GCM.