São oferecidas anualmente 30 vagas de R1 , com bolsa de residência paga pelo Ministério da Saúde
Os cenários de prática hospitalares são Hospital Municipal são Hospital Municipal Dr. Ignácio de Proença Gouveia (Mooca) e Hospital Municipal Dr. Moysés Deutsch (M’Boi Mirim).
A distribuição de vagas e as atividades nesses hospitais são mostradas na figura abaixo:

 

Além das atividades hospitalares todos os residentes do primeiro anos passam em 3 unidades de saúde da Prefeitura do Município de São Paulo - UBS Jardim Edite, Rede hora Certa Ipiranga e URSI Sé (Atendimento ao idoso), conforme figura abaixo :

Durante período do estágio na  UBS, os residentes (r1) fazem curso teórico de Clínica Médica com aulas semanais e participam de reuniões clínicas de discussão de casos .

No segundo ano da residência , são cumpridas as seguintes atividades :
• 5 Meses nas especialidades Cardiologia, Neurologia, Gastroenterologia, Pneumologia, Nefrologia e Infectologia. 
• Essas atividades são cumpridas nos seguintes cenários de prática : Santa Casa de São Paulo, Hospital do Rim (UNIFESP), Instituto do Coração (InCOR), Hospital do Servidor Público Municipal, Hospital Municipal do Tatuapé, Hospital do Servidor Público Estadual.
• 1 Mês de eletivo em locais com estrutura de ensino.
• 5 meses no hospital de origem.