A cobertura do Kinjo Yamato, tombada pelo patrimônio histórico, veio da Escócia e sua finalidade era cobrir uma estação de trem que ficava no Anhangabau, mas veio para o atual local.
O Mercado Kinjo foi criado para dar suporte para a construção do Mercado Municipal Paulistano, inaugurado em 1933. Em 1936, inaugurou-se Mercado Municipal Kinjo Yamato especializado em hortifruti.
O nome do Mercado foi escolhido para homenagear o primeiro imigrante japonês a se formar em odontologia.
Em 2007, o local passou por reforma, retirando o asfalto colocado, indevidamente, sobre o paralelepípedo original.
Hoje, o Kinjo ampliou a oferta de produtos, comercializando ramos de atividade como: peixaria, lanchonete, doceria e floricultura.
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